生物所植物miRNA研究工作取得新进展

来源:农业生物技术研究中心
       近日,生物所在生命学科领域顶级期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research, 影响因子16.971)上发表了题为“PmiREN2.0: from data collection to functional exploration of plant miRNAs”的文章。PmiREN2.0的升级实现了由数据整理、分类向更深层次的数据挖掘和功能研究的转变。不仅覆盖了更全面的数据,而且构建了基因调控网络和增加了分子生物学研究工具,为植物miRNA功能研究助力。

       PmiREN为生物所杨效曾研究员团队开发的植物miRNA研究的综合数据库—植物miRNA数据库(简称PmiREN,网址:www.PmiREN.com),自2019年上线以来,受到了植物miRNA研究领域科学家的极大关注,累计收到了来自全球108个国家和地区超过16万次的访问和超过40次的学术引用。过去两年近200种植物基因组被测序及大量sRNA数据产生,植物miRNA研究领域科学家迫切需要对这些物种miRNA信息进行新整合、分析,并期望能够提供更多方法用于数据分析和实验设计。加之植物miRNA研究热度的持续升温,这些因素驱动了我们对PmiREN的更新和升级,以适应当前的科研趋势,推动和提升植物miRNA研究。

       PmiREN2.0进行了以下五个方面的升级。(1)进行了扩容。PmiREN2.0增加了91个物种的19363个miRNA信息,包含miRNA、靶基因、表达量、共线性、保守性等信息,使数据量增加了一倍。(2)加入了丰富的以miRNA为中心的调控网络。该调控网络包括miRNA、预测的上游转录因子和详细注释的下游靶基因。(3)构建了miRNA家族的系统发育树。这有助于推断不同植物miRNA功能的调控关系,以扩大对植物谱系中miRNA进化的理解。(4)提供了更多分析工具。其中8个工具用于miRNA相关信息挖掘,包括Motifs by PlantRegMap、Motifs by PlantCare、miRNA Polymorphism、miRNA Phylogenetic Tree、Function of miRNA Targets、KEGG Annotation of miRNA Targets、Regulator Network、Literature;3个工具用于相关miRNA实验设计,包括OE-miRNA、AmiRNA (Artificial miRNA)、STTM (Short Tandem Target Mimic)。(5)增加了一个名为PmiREN社区的论坛。植物miRNA论坛(https://pmiren.com/community)为大家提供了一个科研交流的平台,用于科学问题讨论和资源、新发现分享。