北京市农林科学院生物技术研究所（下称生物所）成立于1998年9月，是北京市属唯一专门从事农业生物技术研究、培养农业生物技术人才的研究机构，也是“农业基因资源与生物技术北京市重点实验室”的依托单位。
生物所按照北京都市型现代农业建设和“调结构、转方式、发展高效节水农业”的重大战略要求，围绕“组学育种、优异基因鉴定、植物转基因与基因编辑、农业与环境微生物技术”四大研究方向，应用基础研究与应用研究并重，加强原始创新和集成创新，为首都现代农业发展和乡村振兴提供科技支撑。近年来已初步形成“基础研究突出特色、生物技术形成优势、科研面向应用”的学科建设格局。
生物所一直致力于建设农业生物技术共享平台，以突出生物技术的共性作用。将总价值5000多万元的各类农业生物技术相关仪器设备400多台（套）全部实行开放式管理，以服务于院内外的科研单位；在房山建设了规范化管理的转基因农作物田间实验专用基地，不仅为我院转基因农作物研发提供条件支撑，也为院外部分科研机构提供相关服务；积极与专业院所合作，促进生物技术与常规技术的密切整合。
为响应京津冀协同发展的国家战略，努力推进京津冀农业生物技术研究领域的协同发展，生物所与天津市农业生物技术研究中心、河北省农林科学院遗传生理研究所签订合作协议，共同打造京津冀农业生物技术协同创新平台，建立科技资源开放共享机制，形成三方科技资源、大型科研仪器设备、信息成果、示范基地、人才队伍共享机制，支撑三地农业科技协同创新。目前，在谷子优质抗病种质创新与品种选育、农业废弃物生物处理技术等方面开展了深入合作。
生物所现有各类研究人员近150名，其中研究员8人，副研究员16人，助理研究员19人，在站博士后7人，研究生30多人。入选中组部“火炬计划”1人、北京市青年拔尖人才1人、北京市科技新星计划11人、北京市优秀人才培养计划15人、北京市青年托举人才3人。十三五以来，承担国家转基因重大专项、973计划、863计划、国家自然科学基金、北京市自然科学基金等各类科研项目100余项；制定北京市级标准5个；获得北京市级小麦新品种审定1个、谷子品种3个；主持获得北京市农业技术推广奖一等奖1项、北京市园林绿化科技进步奖一等奖1项；参与获得省级科学技术奖4项、全国农牧渔业丰收奖2项、北京市农业技术推广奖3项；在Nature Communications、Nucleic Acids Research、Genome Biology等国内外权威期刊发表科研论文200余篇，授权国家发明专利50多项。
