杨效曾
杨效曾，博士，研究员，中共中央组织部海外高层次引进人才（国家特聘专家），北京市海外高层次引进人才-青年项目（北京市特聘专家），北京市农林科学院杰出科学家培育计划和青年英才入选者。本科毕业于中国农业大学生物学院，博士毕业于美国弗吉尼亚大学，曾供职于美国陶氏化学担任项目主管和高级项目主管。主持国家自然科学基金委创新人才项目、面上项目、北京市科技项目、陶氏化学重点项目、北京市农林科学院重点项目14项。曾获得陶氏化学发明日奖（2次）、加速研究奖、弗吉尼亚大学博士全额奖学金、优秀博士论文奖、留学基金委优秀自费留学生奖、北京市农林科学院记功（2次）和嘉奖。以通讯作者或第一作者在Nucleic Acids Research、Molecular Biology and Evolution等国际知名SCI期刊发表论文30余篇，获得发明专利7项（2项PCT专利）、软件著作权5项。
研究方向
长期从事作物遗传育种、生物育种和植物小RNA领域研究。
科研成果
主持项目
| [1] | 国家自然科学基金委创新人才 2022-2024（主持） |
| [2] | 北京市农林科学院杰出科学家培育计划 植物miRNA进化研究 2022-2026 （主持） |
| [3] | 国家自然科学基金委面上项目 植物miRNA及其靶基因研究 2021-2024 （主持） |
| [4] | 北京市设施农业新种质创制和品种选育联合攻关项目 生菜育种 2021-2024 （子课题主持） |
| [5] | 北京市农林科学院重点项目 生菜种质资源鉴定与创制 2023 （主持） |
| [6] | 北京市农林科学院重点项目 表型组学研究 2019-2023 （子课题主持） |
| [7] | 北京市农林科学院重点项目 基因组学研究 2019-2023 （子课题主持） |
| [8] | 北京市农林科学院重点项目 新种质资源收集与鉴定 2022 （主持） |
| [9] | 北京市农林科学院重点项目 基因编辑II期 2020-2022 （主持） |
| [10] | 北京市农林科学院重点项目 基因编辑I期 2018-2019 （主持） |
| [11] | 北京市农林科学院重点项目 精准育种技术体系开发 2018 （主持） |
| [12] | 北京市财政项目 高通量测序平台构建 2018 （主持） |
| [13] | 北京市农林科学院青年英才 启动项目 2017-2018 （主持） |
| [14] | 陶氏化学重点项目 高通量组学平台构建 2015-2016 （主持） |
发表论文
| [1] | Shen F#, He H#, Huang X, Deng Y, Yang X. Insights into the convergent evolution of fructan biosynthesis in angiosperms from the highly characteristic chicory genome. New Phytologist. 2023. (JCR Q1, IF2021=10.313). |
| [2] | Kuang Z#, Zhao Y#, Yang X. Plant microRNA identification and annotation using deep sequencing data. Methods in Molecular Biology. 2023. |
| [3] | Guo Z, Kuang Z, Deng Y, Li L*, Yang X*. Identification of species-specific microRNAs provides insights into dynamic evolution of microRNAs in plants. International Journal of Molecular Sciences. 2022. (JCR Q1, IF2021=6.208). |
| [4] | Guo Z, Kuang Z, Tao Y, Wang H, Wan M, Hao C, Shen F, Yang X*, Li L*. Miniature inverted-repeat transposable elements drive rapid microRNA diversification in angiosperms. Molecular Biology and Evolution. 2022. (JCR Q1, IF2021=8.800) |
| [5] | Yang X*, Unver T, Zhang X, Li L. Editorial: Regulatory roles and mechanisms of microRNAs in plant development, evolution, and adaptation. Frontiers in Plant Science. 2022. (JCR Q1, IF2021=6.627) |
| [6] | Guo Z#, Li B#, Du J#, Shen F, Zhao Y, Deng Y, Kuang Z, Tao Y, Wan M, Lu X, Wang D, Wang Y, Han Y, Wei J, Li L, Guo X*, Zhao C*, Yang X*. LettuceGDB: the community database for lettuce genetics and omics. Plant Communications. 2022. (JCR Q1, IF2021=8.625). |
| [7] | Deng Y#, Zhang H#, Wang H, Xing G, Lei B, Kuang Z, Zhao Y, Li C, Dai S, Yang X*, Wei J*, Zhang J*. The construction and exploration of a comprehensive microRNA centered regulatory network in foxtail millet (Setaria italica L.) Frontiers in Plant Science. 2022. (JCR Q1, IF2021=6.627) |
| [8] | Du J, Li B, Lu X, Yang X*, Guo X*, Zhao C*. Quantitative phenotyping and evaluation for lettuce leaves of multiple semantic components. Plant Methods. 2022. (JCR Q1, IF2021=5.827) |
| [9] | Guo Z#, Kuang Z#, Zhao Y#, Deng Y#, He H, Wan M, Tao Y, Wang D, Wei J, Li L*, Yang X*. PmiREN2.0: from data annotation to functional exploration of plant microRNAs. Nucleic Acids Research. 2021. (JCR Q1, IF2021=19.160) |
| [10] | Deng Y#, Qin Y#, Yang P#, Du J#, Kuang Z, Zhao Y, Wang Y, Li D, Wei J, Guo X*, Li L*, Yang X*. Comprehensive annotation and functional exploration of microRNAs in lettuce. Frontiers in Plant Science. 2021. (JCR Q1, IF2020=5.753) |
| [11] | Yang J, Guo Z, Wang W, Cao X*, Yang X*. Genome-Wide Characterization of SPL Gene Family in Codonopsis pilosula Reveals the Functions of CpSPL2 and CpSPL10 in Promoting the Accumulation of Secondary Metabolites and Growth of C. pilosula Hairy Root. Genes (Basel). 2021. (JCR Q2, IF2020=4.096) |
| [12] | Du J, Fan J, Wang C, Lu X, Zhang Y, Wen W, Liao S, Yang X*, Guo X*, Zhao C*. Greenhouse-based vegetable high-throughput phenotyping platform and trait evaluation for large-scale lettuces. Computers and Electronics in Agriculture. 2021. (JCR Q1, IF2020=5.565) |
| [13] | Zhao Y# , Kuang Z#, Wang Y, Li L*, Yang X*. MicroRNA annotation in plants: current status and challenges. Briefings in Bioinformatics. 2021. (JCR Q1, IF2020=11.622) |
| [14] | Yang X*, Fishilevich E, German MA, Gandra P, McEwan ER, Billion A, Knorr E, Vilcinskas A, Narva KE*. Elucidation of the microRNA Transcriptome in Western Corn Rootworm Reveals Its Dynamic and Evolutionary Complexity. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2021. (JCR Q1, IF2020=7.691) |
| [15] | Yin X, Romero-Campero FJ, de Los Reyes P, Yan P, Yang J, Tian G, Yang X, Mo X, Zhao S, Calonje M, Zhou Y. H2AK121ub in Arabidopsis associates with a less accessible chromatin state at transcriptional regulation hotspots. Nature Communications. 2021. (JCR Q1, IF2020=12.121) |
| [16] | Du J, Lu X, Fan J, Qin Y, Yang X*, Guo X*. Image-Based High-Throughput Detection and Phenotype Evaluation Method for Multiple Lettuce Varieties. Frontiers in Plant Science. 2020. (JCR Q1, IF2019=4.402) |
| [17] | Fromm B, Keller A, Yang X, Friedlander MR, Peterson KJ, Griffiths-Jones S. Quo vadis microRNAs? Trends in Genetics. 2020. (JCR Q1, IF2019=11.333) |
| [18] | Yang J, Yang X, Kuang Z, Li B, Lu X, Cao X, Kang J. Selection of suitable reference genes for qRT-PCR expression analysis of Codonopsis pilosula under different experimental conditions. Molecular Biology Reports. 2020. (JCR-3, IF2019=1.402) |
| [19] | Yang J, Yang X, Li B, Lu X, Kang J, Cao X. Establishment of in vitro culture system for Codonopsis pilosula transgenic hairy roots. 3 Biotech. 2020. (JCR-3, IF2019=1.798) |
| [20] | Wang Y#, Kuang Z#, Li L*, Yang X*. A Bioinformatics Pipeline to Accurately and Efficiently Analyze the MicroRNA Transcriptomes in Plants. JoVE. 2020. (JCR-3, IF2019=1.163) |
| [21] | Guo Z#, Kuang Z#, Wang Y#, Zhao Y#, Tao Y, Cheng C, Yang J, Lu X, Hao C, Wang T, Cao X, Wei J, Li L*, and Yang X*. PmiREN: a comprehensive encyclopedia of plant miRNAs. Nucleic Acids Research. 2020. (JCR Q1, IF2019=11.501) |
| [22] | 杨攀, 杨诗雯, 李磊, 杨效曾. 生菜研究进展综述. 现代园艺. 2020 |
| [23] | Kuang Z#, Wang Y#, Li L*, Yang X*. miRDeep-P2: accurate and fast analysis of the microRNA transcriptome in plants. Bioinformatics. 2019. (JCR Q1, IF2018=4.531) |
| [24] | Sidorenko LV, Lee TF, Woosley A, Moskal WA, Bevan SA, Merlo PAO, Walsh TA, Wang X, Weaver S, Glancy TP, Wang P, Yang X, Sriram S, Meyers BC. GC-rich coding sequences reduce transposon-like, small RNA-mediated transgene silencing. Nature Plants. 2017. |
| [25] | Chennareddy S, Cicak T, Clark L, Russell S, Skokut M, Beringer J, Yang X, Jia Y, Gupta M. Expression of a novel bi-directional Brassica napus promoter in soybean. Transgenic Research. 2017. |
| [26] | Su C, Yang X, Gao S, Tang Y, Zhao C, Li L. Identification and characterization of a subset of microRNAs in wheat (Triticum aestivum L.). Genomics. 2014. |
| [27] | Aryal R, Yang X, Yu Q, Sunkar R, Li L, Ming R. Asymmetric purine-pyrimidine distribution in cellular small RNA population of papaya. BMC Genomics. 2012. |
| [28] | Yang X#, Zhang H#, Li L. Alternative mRNA processing increases the complexity of microRNA-based gene regulation in Arabidopsis. The Plant Journal. 2012. |
| [29] | Yang X, Li L. Analyzing the microRNA Transcriptome in Plants Using Deep Sequencing Data. Biology (Basel). 2012. |
| [30] | Yang X, Li L. miRDeep-P: a computational tool for analyzing the microRNA transcriptome in plants. Bioinformatics. 2011. |
| [31] | Yang X, Zhang H, Li L. Global analysis of gene-level microRNA expression in Arabidopsis using deep sequencing data. Genomics. 2011. |
| [32] | Zhang H, He H, Wang X, Wang X, Yang X, Li L, Deng XW. Genome-wide mapping of the HY5-mediated gene networks in Arabidopsis that involve both transcriptional and post-transcriptional regulation. The Plant Journal. 2011. |
| [33] | Wu N, Yang X, Li L. Identification of Feed Forward Loops Composed of MicroRNAs and Transcription Factors in Arabidopsis. Journal of Biochemistry and Molecular Biology in the Post Genomic Era. 2011. |
| [34] | He H, Zhang H, Wang X, Wu N, Yang X, Chen R, Li Y, Deng XW, Li L. Development of a versatile, target-oriented tiling microarray assay for measuring allele-specific gene expression. Genomics. 2010. |
| [35] | 35.Wang X, Yu Z, Yang X, Deng XW, Li L. Transcriptionally active gene fragments derived from potentially fast-evolving donor genes in the rice genome. Bioinformatics. 2009. |
发明专利
| [1] | 一种来源于生菜的叶绿体转运肽Lsa3084及其应用，中国，2022，ZL202210035813.9 |
| [2] | Lsa25711转运肽在叶绿体遗传转化中的应用，中国，2022，ZL202210062843.9 |
| [3] | 一种将目的蛋白定位于叶绿体的方法及其应用，中国，2022，ZL202210057679.2 |
| [4] | 一种用于鉴定莴苣杂交种真实性的方法及其使用的KASP引物组合，中国，2021, ZL202110233141.5 |
| [5] | Short/Small Hairpin RNA Molecules，国际专利，WO2019161449 |
| [6] | Extension Sequences for RNA Inhibitory Molecules，国际专利，WO2020112736 |
| [7] | 一种细菌质粒及其衍生质粒与应用，中国，2008，200610066217 |
软件著作权
| [1] | 2018SR1090606，miRDeep-P2 软件 |
| [2] | 2019SR0343185，Plant microRNA Encyclopedia软件 [简称：PmiREN] V1.0 |
| [3] | 2021SR0375359，miRDeep-AP软件 |
| [4] | 2021SR1514924，Plant microRNA Encyclopedia平台 [简称：PmiREN] V2.0 |
| [5] | 2022SR0253720，Lettuce Genome Database平台 [简称：LettuceGDB] |
